La mayor desventaja es que cualquier modificación hecha al tema de esta manera se perderá una vez que el desarrollador haya actualizado el tema. Como consecuencia, los usuarios no podrán mantener su tema actualizado (lo cual es malo para la seguridad) o encontrarán que todas sus personalizaciones desaparecen cuando lo hacen.

De cualquier manera, la situación está lejos de ser un ideal.

Una idea mucho mejor es usar un tema infantil. Esto le permite realizar cualquier cantidad de cambios en un sitio web sin tocar ninguno de los archivos de tema originales.

Tema completo: https://www.smashingmagazine.com/2016/01/create-customize-wordpress-child-theme/